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Vantaggi dell'implementazione di workload genomici su FlexPod

Collaboratori

Questa sezione fornisce un breve elenco dei vantaggi per l'esecuzione di un carico di lavoro genomico su una piattaforma di infrastruttura convergente FlexPod. Descriviamo rapidamente le funzionalità di un ospedale. La seguente vista dell'architettura di business mostra le funzionalità di un ospedale implementate su una piattaforma di infrastruttura convergente FlexPod ibrida-pronta per il cloud.

  • Evitare i silos nell'assistenza sanitaria. i silos nell'assistenza sanitaria sono una preoccupazione molto reale. I reparti vengono spesso inseriti in silos nel proprio set di hardware e software, non per scelta, ma organicamente per evoluzione. Ad esempio, radiologia, cardiologia, EHR, genomica, analytics, ciclo di ricavi e altri reparti finiscono con il loro set individuale di software e hardware dedicati. Le organizzazioni del settore sanitario gestiscono un numero limitato di professionisti IT per gestire le proprie risorse hardware e software. Il punto di flessione si verifica quando si prevede che questo insieme di individui gestisca un insieme molto diversificato di hardware e software. L'eterogeneità è aggravata da un insieme incongruente di processi portati all'organizzazione sanitaria dai vendor.

  • Inizia con le piccole dimensioni e fai crescere. il kit di tool GATK è ottimizzato per l'esecuzione della CPU, che offre le migliori suite di piattaforme come FlexPod. FlexPod consente una scalabilità indipendente di rete, calcolo e storage. Inizia con le dimensioni ridotte e scala man mano che le tue capacità di genomica e l'ambiente crescono. Le organizzazioni del settore sanitario non devono investire in piattaforme specializzate per eseguire carichi di lavoro genomici. Le organizzazioni possono invece sfruttare piattaforme versatili come FlexPod per eseguire carichi di lavoro di genomica e non genomica sulla stessa piattaforma. Ad esempio, se il reparto di pediatria desidera implementare la funzionalità di genomica, la leadership IT può eseguire il provisioning di calcolo, storage e networking su un'istanza di FlexPod esistente. Man mano che la business unit genomica cresce, le organizzazioni sanitarie possono scalare la propria piattaforma FlexPod in base alle esigenze.

  • Pannello di controllo singolo e flessibilità senza pari. Cisco Intersight semplifica significativamente le operazioni IT attraverso il bridging delle applicazioni con l'infrastruttura, fornendo visibilità e gestione da server bare-metal e hypervisor ad applicazioni senza server, riducendo così i costi e mitigando i rischi. Questa piattaforma SaaS unificata utilizza un design Open API unificato che si integra in modo nativo con piattaforme e tool di terze parti. Inoltre, consente la gestione del tuo team operativo del data center on-site o da qualsiasi luogo utilizzando un'app mobile.

    Gli utenti possono ottenere rapidamente valore tangibile nel proprio ambiente sfruttando Intersight come piattaforma di gestione. Grazie all'automazione per molte attività manuali quotidiane, Intersight elimina gli errori e semplifica le operazioni quotidiane. Inoltre, le funzionalità di supporto avanzate di Intersight consentono agli utenti di restare al passo con i problemi e accelerare la risoluzione dei problemi. In combinazione, le organizzazioni dedicano molto meno tempo e denaro alla propria infrastruttura applicativa e più tempo allo sviluppo del business principale.

    Sfruttando la gestione di Intersight e l'architettura facilmente scalabile di FlexPod, le organizzazioni possono eseguire diversi carichi di lavoro genoma su una singola piattaforma FlexPod, aumentando l'utilizzo e riducendo il TCO (Total Cost of Ownership). FlexPod consente un dimensionamento flessibile, con scelte a partire dal nostro piccolo FlexPod Express e scalabilità in implementazioni di grandi dimensioni di FlexPod Datacenter. Grazie alle funzionalità di controllo degli accessi basate sui ruoli integrate in Cisco Intersight, le organizzazioni sanitarie possono implementare solidi meccanismi di controllo degli accessi, evitando la necessità di stack di infrastruttura separati. Più business unit all'interno dell'organizzazione sanitaria possono sfruttare la genomica come competenza chiave.

    In ultima analisi, FlexPod aiuta a semplificare le operazioni IT e a ridurre i costi operativi, consentendo agli amministratori dell'infrastruttura IT di concentrarsi su attività che aiutano i medici a innovare, anziché essere relegati per tenere le luci accese.

  • Progettazione validata e risultati garantiti. le guide di progettazione e implementazione di FlexPod sono validate per essere ripetibili e coprono dettagli completi di configurazione e Best practice di settore che sono necessarie per implementare un FlexPod in tutta sicurezza. Le guide alla progettazione, le guide all'implementazione e le architetture validate di Cisco e NetApp aiutano la tua organizzazione sanitaria o di life science a eliminare ogni incertezza dall'implementazione di una piattaforma validata e affidabile fin dall'inizio. Con FlexPod, puoi accelerare i tempi di implementazione e ridurre costi, complessità e rischi. I design validati e le guide all'implementazione di FlexPod definiscono FlexPod come la piattaforma ideale per una vasta gamma di carichi di lavoro di genomica.

  • Innovazione e agilità. FlexPod è una piattaforma ideale per gli EHR come Epic, Cerner, Meditech e sistemi di imaging come Agfa, GE, Philips. Per ulteriori informazioni su "EPIC Honor roll" E l'architettura della piattaforma di destinazione, vedi Epic userweb. Esecuzione di genomica su "FlexPod" consente alle organizzazioni del settore sanitario di continuare il proprio percorso di innovazione con agilità. Con FlexPod, l'implementazione del cambiamento organizzativo è naturale. Quando le organizzazioni si standardizzano su una piattaforma FlexPod, gli esperti IT del settore sanitario possono fornire tempo, impegno e risorse per innovare e quindi essere agili come richiesto dall'ecosistema.

  • Data liberated. con la piattaforma di infrastruttura convergente FlexPod e un sistema storage NetApp ONTAP, i dati genomici possono essere resi disponibili e accessibili utilizzando un'ampia varietà di protocolli su larga scala da una singola piattaforma. FlexPod con NetApp ONTAP offre una piattaforma di cloud ibrido semplice, intuitiva e potente. Il data fabric basato su NetApp ONTAP consente di unire i dati tra siti, oltre i confini fisici e tra applicazioni diverse. Il tuo data fabric è costruito per le aziende basate sui dati in un mondo incentrato sui dati. I dati vengono creati e utilizzati in più sedi e spesso devono essere sfruttati e condivisi con altre sedi, applicazioni e infrastrutture. Pertanto, è necessario un metodo coerente e integrato per gestirlo. FlexPod mette il tuo team IT sotto controllo e semplifica l'aumento della complessità DELL'IT.

  • Multitenancy sicura. FlexPod utilizza moduli crittografici conformi a FIPS 140-2, consentendo alle organizzazioni di implementare la sicurezza come elemento fondamentale, non come elemento secondario. FlexPod consente alle organizzazioni di implementare la multi-tenancy sicura da una singola piattaforma di infrastruttura convergente indipendentemente dalle dimensioni della piattaforma. FlexPod con multi-tenancy e QoS sicuri aiuta a separare i carichi di lavoro e a massimizzare l'utilizzo. In questo modo si evita che il capitale venga bloccato in piattaforme specializzate potenzialmente sottoutilizzate e che richiedono un set di competenze specialistiche da gestire.

  • Efficienza dello storage. la genomica richiede che lo storage sottostante disponga di funzionalità di efficienza dello storage leader del settore. È possibile ridurre i costi dello storage con le funzionalità di efficienza dello storage NetApp come la deduplica (inline e on demand), la compressione dei dati e la compattazione dei dati ( "rif"). La deduplica NetApp fornisce la deduplica a livello di blocco in un volume FlexVol. Essenzialmente, la deduplica rimuove i blocchi duplicati, memorizzando solo blocchi univoci nel volume FlexVol. La deduplica funziona con un elevato grado di granularità e opera sul file system attivo del volume FlexVol. La figura seguente mostra una panoramica del funzionamento della deduplica NetApp. La deduplica è trasparente per l'applicazione. Pertanto, può essere utilizzato per deduplicare i dati provenienti da qualsiasi applicazione che utilizzi il sistema NetApp. È possibile eseguire la deduplica del volume come processo inline e come processo in background. È possibile configurarlo in modo che venga eseguito automaticamente, pianificato o eseguito manualmente tramite CLI, Gestore di sistema NetApp ONTAP o NetApp Active IQ Unified Manager.

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  • Abilitare l'interoperabilità genomica. ONTAP FlexCache è una funzionalità di caching remoto che semplifica la distribuzione dei file, riduce la latenza della WAN e riduce i costi di larghezza di banda della WAN (. "rif"). Una delle attività chiave durante l'identificazione e l'annotazione delle varianti genomiche è la collaborazione tra i medici. La tecnologia ONTAP FlexCache aumenta il throughput dei dati anche quando i medici collaboratori si trovano in diverse aree geografiche. Data la dimensione tipica di un file *.BAM (da 1 GB a 100 GB), è fondamentale che la piattaforma sottostante possa rendere i file disponibili ai medici in diverse aree geografiche. FlexPod con ONTAP FlexCache rende i dati genomici e le applicazioni realmente multisito, il che rende perfetta la collaborazione tra ricercatori dislocati in tutto il mondo, con bassa latenza e throughput elevato. Le organizzazioni sanitarie che eseguono applicazioni di genomica in un ambiente multisito possono scalare in orizzontale utilizzando il data fabric per bilanciare gestibilità con costi e velocità.

  • Uso intelligente della piattaforma di storage. FlexPod con il tiering automatico ONTAP e la tecnologia Fabric Pool di NetApp semplificano la gestione dei dati. FabricPool aiuta a ridurre i costi dello storage senza compromettere performance, efficienza, sicurezza o protezione. FabricPool è trasparente per le applicazioni aziendali e sfrutta l'efficienza del cloud riducendo il TCO dello storage senza la necessità di riprogettare l'infrastruttura applicativa. FlexPod può trarre vantaggio dalle funzionalità di tiering dello storage di FabricPool per un utilizzo più efficiente dello storage flash ONTAP. Per ulteriori informazioni, vedere "FlexPod con FabricPool". Il seguente diagramma fornisce una panoramica di alto livello di FabricPool e dei suoi vantaggi.

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  • Analisi e annotazione delle varianti più rapide. la piattaforma FlexPod è più veloce da implementare e da rendere operativa. La piattaforma FlexPod consente la collaborazione tra medici rendendo i dati disponibili su larga scala con bassa latenza e throughput aumentato. Una maggiore interoperabilità favorisce l'innovazione. Le organizzazioni del settore sanitario possono eseguire i workload genomici e non genomici in maniera affiancata, il che significa che le organizzazioni non hanno bisogno di piattaforme specializzate per iniziare il loro percorso di genomica.

    FlexPod ONTAP aggiunge regolarmente funzionalità all'avanguardia alla piattaforma di storage. FlexPod Datacenter è la base ottimale per l'implementazione di FC-NVMe per consentire l'accesso allo storage dalle performance elevate alle applicazioni che ne hanno bisogno. Poiché FC- NVMe si evolve per includere alta disponibilità, multipathing e supporto aggiuntivo del sistema operativo, FlexPod è la piattaforma scelta, fornendo la scalabilità e l'affidabilità necessarie per supportare queste funzionalità. ONTAP con i/o più veloce con NVMe end-to-end consente di completare più rapidamente le analisi genomiche ( "rif").

    I dati del genoma raw in sequenza producono file di grandi dimensioni ed è importante che questi file siano resi disponibili agli analizzatori delle varianti per ridurre il tempo totale necessario dalla raccolta dei campioni all'annotazione delle varianti. NVMe (nonvolatile memory express), se utilizzato come protocollo di accesso allo storage e di trasporto dei dati, offre livelli di throughput senza precedenti e tempi di risposta più rapidi. FlexPod implementa il protocollo NVMe durante l'accesso allo storage flash tramite il bus PCI Express (PCIe). PCIe consente l'implementazione di decine di migliaia di code di comandi, aumentando la parallelizzazione e il throughput. Un singolo protocollo, dallo storage alla memoria, consente di accedere rapidamente ai dati.

  • L'agilità per la ricerca clinica da zero. la capacità e le performance di storage flessibili ed espandibili consentono alle organizzazioni di ricerca nel settore sanitario di ottimizzare l'ambiente in modo elastico o JIT (Just-in-Time). Disaccoppiando lo storage dall'infrastruttura di calcolo e di rete, la piattaforma FlexPod può essere scalata verso l'alto e verso l'esterno senza interruzioni. Grazie a Cisco Intersight, la piattaforma FlexPod può essere gestita con flussi di lavoro automatizzati integrati e personalizzati. I flussi di lavoro di Cisco Intersight consentono alle organizzazioni sanitarie di ridurre i tempi di gestione del ciclo di vita delle applicazioni. Quando un centro medico accademico richiede che i dati dei pazienti siano anonimi e resi disponibili al proprio centro per la ricerca informatica e/o il centro per la qualità, l'organizzazione IT può sfruttare i flussi di lavoro di Cisco Intersight FlexPod per eseguire backup dei dati sicuri, clonare e ripristinare in pochi secondi, non ore. Con NetApp Trident e Kubernetes, le organizzazioni IT possono eseguire il provisioning di nuovi data scientist e rendere disponibili i dati clinici per lo sviluppo dei modelli in pochi minuti, talvolta anche in pochi secondi.

  • Protezione dei dati genoma. NetApp SnapLock offre un volume speciale in cui i file possono essere memorizzati e impegnati in uno stato non cancellabile e non riscrivibile. I dati di produzione dell'utente che risiedono in un volume FlexVol possono essere mirrorati o archiviati in un volume SnapLock tramite la tecnologia NetApp SnapMirror o SnapVault. I file nel volume SnapLock, nel volume stesso e nel relativo aggregato di hosting non possono essere cancellati fino alla fine del periodo di conservazione. Utilizzando il software ONTAP FPolicy, le organizzazioni possono prevenire gli attacchi ransomware impedendo operazioni su file con estensioni specifiche. È possibile attivare un evento FPolicy per operazioni di file specifiche. L'evento è legato a una policy, che richiama il motore che deve utilizzare. È possibile configurare un criterio con una serie di estensioni di file che potrebbero contenere ransomware. Quando un file con un'estensione non consentita tenta di eseguire un'operazione non autorizzata, FPolicy impedisce l'esecuzione di tale operazione ("rif").

  • Supporto congiunto di FlexPod. NetApp e Cisco hanno definito il supporto congiunto di FlexPod, un modello di supporto forte, scalabile e flessibile per soddisfare i requisiti di supporto esclusivi dell'infrastruttura convergente di FlexPod. Questo modello utilizza l'esperienza, le risorse e l'esperienza di supporto tecnico di NetApp e Cisco per offrire un processo ottimizzato per l'identificazione e la risoluzione dei problemi di supporto FlexPod, indipendentemente dalla posizione del problema. La figura seguente fornisce una panoramica del modello di supporto cooperativo FlexPod. Il cliente contatta il vendor che potrebbe essere responsabile del problema e Cisco e NetApp lavorano in collaborazione per risolverlo. Cisco e NetApp dispongono di team di sviluppo e progettazione multiazienda che lavorano insieme per risolvere i problemi. Questo modello di supporto riduce la perdita di informazioni durante la traduzione, garantisce fiducia e riduce i tempi di inattività.

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